Os projetos aprovados recebem o apoio financeiro de forma faseada. A primeira tranche do financiamento é transferida após a assinatura do protocolo de financiamento, como adiantamento, para poderem começar a realizar o projeto.

As restantes tranches são transferidas após boa execução do programado no projeto, confirmada pela aprovação de relatórios de prestação de contas elaborados de acordo com modelo definido pelo Programa.

A última tranche é transferida após apresentação de um relatório preliminar de execução final. O fecho de contas será feito com a apresentação do relatório final.

A não prestação de contas implica a suspensão dos pagamentos e pode determinar a devolução de verbas já recebidas, se for caso disso.

Os relatórios de prestação de contas são apresentados através da plataforma de candidaturas e é dada divulgação aos seus resultados.