O Regulamento do Programa Bairros Saudáveis prevê, no seu Artigo 39.º, por proposta da equipa de coordenação nacional (na 2ª edição, pelo Coordenador nacional) e deliberação da Entidade Responsável, a constituição do Conselho do Programa Bairros Saudáveis.

A 4 de março de 2024 foi constituído o Conselho do Programa Bairros Saudáveis, integrando as seguintes individualidades:

Helena Roseta (Arquitecta; anterior Coordenadora Nacional da 1ª Edição do Programa)

João Ferrão (Geógrafo; Presidente do Júri de Avaliação da 1ª Edição do Programa)

Graça Freitas (Médica de Saúde Pública; Diretora Geral de Saúde durante o período da 1ª Edição do Programa)

Hugo Esteves (Médico de Saúde Pública; membro da Equipa de Coordenação Nacional da 1ª Edição

Maria José Casa-Nova (Socióloga; membro do Júri da 1ª edição)