O regulamento do Programa determina que o pagamento do financiamento aprovado seja repartido por tranches de financiamento. Aos projetos de mais de 5 000€ são pagas 4 tranches, respetivamente de 50%, 20%, 20% e 10% do valor total do orçamento aprovado. Aos projetos até 5 000€ são pagas duas tranches, de 75% e 25% do valor total do orçamento aprovado. O esquema ao lado ilustra o faseamento dos pagamentos à data de 31 de dezembro de 2022. O pagamento da 3ª tranche de financiamento estava, nessa data, em curso.
A 1ª tranche de financiamento é paga por antecipação, as restantes após verificação de boa execução física e financeira. A 4ª tranche é paga após verificação da conclusão das atividades do projeto, antes do relatório do fecho de contas. No final do fecho de contas, a despesa total validada deve ser idêntica ao total das receitas recebidas, havendo lugar a acertos e devoluções quando não for o caso.