A indefinição do futuro do programa Bairros Saudáveis, suja 2ª edição foi aprovada pelo XXIII Governo mas cuja continuidade foi recusada pelo XXIV Governo criaram, ao longo de 2024, uma situação pouco comum. Com efeito, desde janeiro desde de 2024 que o programa se encontra sem Núcleo Executivo, tendo apenas um novo Coordenador Nacional, mas sem equipa. Esta situação dificultou e atrasou ainda mais o já difícil processo de pagamentos aos projetos.

O esquema ao lado ilustra a evolução das prestações de contas e dos pagamentos, sendo vísiveis os intervalos de tempo entre decorridos. Esta situação levou a que o prazo de execução da 1ª edição tivesse sido várias vezes prorrogado. Os 240 projetos realizados concluiram-se me outubro de 2022, a prestação de contas pelos projetos concluiu-se em dezembro de 2023 e o fecho de contas está a ser finalizado.