A metodologia de avaliação do relatório final de atividades permite obter dois indicadores fundamentais – o Indicador de execução de atividades (IA) e o Indicador de cumprimento dos objetivos (ICO), calculados a partir da autoavaliação qualitativa que as entidades promotoras reportam nesse relatório. É ainda apurado um indicador complementar – o Indicador de realização de resultados (IRR) – que valoriza o facto de terem sido alcançados ou superados os resultados esperados declarados na candidatura.
O esquema ao lado resume os indicadores de realização física e financeira criados e apurados com a validação, respetivamente, dos relatórios finais de atividades e dos relatórios de fecho de contas. Recorda-se que os pagamentos aos projetos, à exceção da 1ª tranche que é paga após a assinagtura dos protocolos de financiamento, dependem da verificação da execução física e financeira.
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Por sua vez o relatório de fecho de contas permite apurar três indicadores de realização: a Taxa de execução financeira (TEF) que relaciona a despesa total submetida pelo projeto com a receita total recebida do Programa; a Taxa de alavancagem de recursos (TAR), que relaciona a receita conseguida recebida outras fontes de financiamento, incluindo de autofinanciamento, com a receita total recebida do Programa; e o Indicador de Parceria, que exprime a dinâmica da parceria local que desenvolveu o projeto a partir da autoavaliação qualitativa feita pelos projetos segundo cinco dimensões da parceria (cooperação, capacitação, aumento da rede de intervenientes, diversificação e sustentabilidade).