Quaisquer outras alterações às atividades ou ao projeto, de que não resulte uma alteração substancial dos objetivos do projeto aprovado nem seja ultrapassado o montante total de financiamento aprovado, podem ser apresentadas e justificadas, em formulário próprio, após a validação da apresentação do 1º e 2º relatórios de prestação de contas. Os projetos são notificados da abertura de cada processo de alterações na plataforma de candidaturas.

A título excecional, em caso de alterações de atividades que tenham de ocorrer durante a primeira fase de realização do projeto (até 31 de dezembro de 2021), pode ser solicitada autorização, devidamente justificada, ao abrigo da Cláusula 5ª do protocolo de financiamento, através de exposição dirigida à Secretária-Geral do Ministério da Saúde, que decidirá.