O protocolo de financiamento determina que a execução financeira do projeto se inicia quando o protocolo de financiamento está assinado por ambas as partes. Todas as entidades promotoras e parceiras recebem uma notificação de envio do protocolo assinado, com a indicação da data da assinatura da Secretária-Geral do Ministério da Saúde (SGMS). Na prática, o projeto pode iniciar-se no dia seguinte ao dessa notificação, sem prejuízo de, no caso de as atividades terem começado logo após a assinatura do protocolo pela SGMS, mas antes da notificação, poder ser a data da assinatura, e não a da notificação, a marcar o início do projeto.
O projeto termina com a apresentação do relatório do fecho de contas. A execução física das atividades tem de terminar mais cedo, para poder ser apresentado o relatório final de execução física, ou relatório final de atividades, e poder ser paga a última tranche de financiamento. As atividades do projeto têm de estar concluídas, por decisão da 36ª reunião da Entidade Responsável, até 10 de outubro de 2022.
A prorrogação pelo Governo da data de conclusão do Programa até 30 de junho de 2023 (*), sem prejuízo das operações a que possa haver lugar posteriormente, em sede de acertos de contas, não altera a data de conclusão das atividades do projeto, que se mantém em 10 de outubro de 2022.
Os projetos poderão no entanto realizar outras atividades antes ou depois destes prazos limite, desde que as respetivas despesas não sejam imputadas ao Programa e que as atividades previstas no projeto não deixem de ser realizadas nos calendários aprovados.
(*) Ver Resolução do Conselho de Ministros nº 35-A/2023, de 27 de abril